En 1982, graban en Hollywood lo que sería su primer LP How could hell be any worse, el cual se puedo realizar gracias al apoyo económico del padre de Brett. Con este disco se vendieron más de 10,000 copias y se creó rápidamente un creciente interés nacional pues fue considerado la génesis del punk revival en los EEUU por su sonido hardcore melódico. Paralelamente, Greg Hetson de los Circle Jerks entró como segundo guitarrista tras grabar el disco. 1983 no fue un buen año para la banda, pues se dio un cambio radical en la línea del grupo, convirtiendo la música de Bad Religión en un rock más psicodélico, dejando de lado al punk. El disco Into the unknown ocasionó que la banda perdiera a muchos de sus seguidores ocasionando la separación del grupo.
En 1984 Hetson propuso a Graffin poner en marcha el grupo otra vez, y éste accedió. Con Hetson, Finestone y un nuevo bajista, Tim Gallegos, graban un nuevo EP Back to the known, en el que volvía a su estilo rápido y directo. Brett se estaba dedicando a trabajar en Epitaph, y vio a Bad Religion como la mejor manera de lanzar el sello al éxito. Entonces en 1985 Jay Bentley y él mismo volvieron al grupo, preparando así su próximo álbum.
Es a finales de los 80, con el disco Suffer en 1987 (considerado su primer gran lanzamiento) y, sobre todo, con No Control en 1989, cuando la agrupación inventa el Bad Religión Beat (punk melódico de alta velocidad) y salta a la fama mundial inaugurando la moda del punk californiano, que continuará con grupos como The Offspring, Green Day y NOFX.
En 1991 aparece Against the grain y Generator en 1992. Ocurre un nuevo cambio, esta vez en la bateria, Bobby Schayer sustituyó a Pete Finestone. Un año más tarde, en 1993 nace Recipe for hate. Los miembros de Bad Religion deciden marcharse a otra compañía disquera, se van a Sony y comienzan a trabajar en una evolución más personal de su sonido característico. Nuevamente recae sobre conjunto musical una serie de críticas acusándolos de vendidos, por el simple hecho de marcharse a un sello que les garantizara una buena distribución ya que en Epitaph no daban a basto. En esta nueva etapa llegan No Substance en 1998 y The New America en el 2000, más cercanos al rock alternativo post-grunge que al hardcore melódico.
En el 2001 Bad Religión regresa a sus raíces (Epitaph Records) y simultáneamente se produce la retirada de su baterista Bobby Schayer (por una lesión que lo alejaría definitivamente de la música) y en su reemplazo ingresa Brooks Wackerman. A su vez, Brett, recuperado de su adicción a las drogas vuelve con su característico sonido de guitarra, y con excelentes composiciones que incluyen tanto mensajes políticos como reflexiones más tendentes a la filosofía y la existencia cotidiana.
En febrero del 2002 sale a la luz The process of belief. Desde su publicación la prensa lo destaca como el disco punk rock del año y como uno de los mejores de toda la discográfica de Bad Religión. La critica es unánime: el material recupera el sonido Bad Religion de antaño, donde la velocidad vuelve a aparecer como en sus mejores tiempos. Ese mismo año los lleva por una extensa gira por Europa, Asia y Norte América.
A comienzos de 2003 cada uno de los componentes de las bandas se toman un merecido descanso. En Septiembre del mismo año se embarcan en una pequeña gira californiana q les llevara a ciudades como San Francisco y San Diego. En el Mes de Octubre comienzan la grabación del nuevo disco The Empire Strikes First.
En el 2005 dan una serie de conciertos por USA y Europa. Graffin anuncia la llegada de un nuevo álbum de Bad Religión pronto y otro disco en solitario producido por MR Brett.
